ISSN : 1302-7123 | E-ISSN : 1308-5123
Klinik örneklerden izole edilen Mikobakteri suşlarının hsp65 PCR-RFLP Yöntemi ile identifikasyonu [SETB]
SETB. Baskıdaki Makaleler: SETB-66587 | DOI: 10.14744/SEMB.2019.66587

Klinik örneklerden izole edilen Mikobakteri suşlarının hsp65 PCR-RFLP Yöntemi ile identifikasyonu

Ayşe Barış, Banu Bayraktar
Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı

Amaç: Mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanması, patojen olan türlerin patojen olmayanlardan ayrımı, uygun tedavi rejiminin seçimi ve epidemiyolojik verilerin toplanması için önemlidir. Geleneksel yöntemler ile laboratuar tanısı zaman alıcı ve zahmetli olan mikobakterilerin identifikasyonu için daha hızlı, duyarlı ve güvenilir yöntemlere gereksinim duyulmaktadır. Bu çalışmanın amacı mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanmasında hsp65 Polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) yönteminin, rutin laboratuar kullanımı için uygunluğunun belirlenmesidir.
Yöntem: Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na üç yıllık dönemde gönderilen 1632 hastadan ardışık olarak toplam 141 mikobakteri izolatı üretildi. İzolatların tanımlanmasında MGIT PNB, niasin testi ve moleküler yöntemlerden hsp65 PCR-RFLP yöntemi kullanıldı.
Bulgular: Kültürde üreyen mikobakterilerin konvansiyonel yöntemler ile 138’i M. tuberculosis kompleks (MTBC), üçü tüberküloz dışı mikobakteri (TDM) olarak belirlenmiştir. hsp65 PCR-RFLP yöntemi kullanılarak ise137 izolat MTBC, dört izolat TDM olarak tanımlanmıştır. Konvansiyonel yöntem ile PNB duyarlı olduğu için MTBC olarak değerlendirilen bir izolat hsp65 yöntemi ile TDM olarak belirlenmiştir. Tüberküloz dışı mikobakterilerin hsp65 PCR-RFLP yöntemi ile identifikasyonunda bir izolat M. abcessus, üç izolat M. avium kompleks olarak tanımlanmıştır.
Sonuç: Çalışmamızda TDM’ ler de dahil mikobakterilerin identifikasyonuna olanak sağlayan hsp65 PCR-RFLP yönteminin kliniğe hızla bilgi vermek açısından, ucuz, kolay ve rutin kullanıma uygun bir yöntem olduğu sonucuna varılmıştır. (SETB-2019-03-048)

Anahtar Kelimeler: PCR-RFLP, hsp65, M. tuberculosis complex, Tüberküloz dışı mikobakteri

Identification of Mycobacterial strains isolated from clinical specimens via hsp65 PCR-RFLP method

Ayşe Barış, Banu Bayraktar
Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı

Aim: Identification of mycobacteria at species level is important for the separation of pathogenic species from non-pathogenic species, selection of appropriate treatment regimen and collection of epidemiological data. For the identification of mycobacteria which are time consuming and laborious with traditional methods, faster, more sensitive and reliable methods are needed. The aim of this study is to determine the suitability of hsp65 Polymerase chain reaction restriction fragment polymorphism (PCR-RFLP) method for routine laboratory use.
Method: A total of 141 mycobacterial isolates were obtained from 1632 samples which were sent to Medical Microbiology Laboratory.
Results: In the culture, mycobacteria were identified as 138 M. tuberculosis complex (MTBC) and three non-tuberculosis mycobacteria (NTM) by conventional methods. hsp65 Using the PCR-RFLP method, 137 isolates were identified as MTBC, four isolates NTM. An isolate that was evaluated as MTBC because it was PNB sensitive by conventional method was determined as NTM with hsp65 method. One isolate M. abcessus was identified as the three isolate M. avium complex in the identification of non-tuberculous mycobacteria by the hsp65 PCR-RFLP method.
Conclusion: In our study, it was concluded that hsp65 PCR-RFLP method, which allows identification of mycobacteria including NTMs, is a method that is cheap, easy and suitable for routine use in order to provide rapid information to the clinic. The scope of the agar and database used in the method is effective in the definition of the correct species.

Keywords: PCR-RFLP, hsp65, M. tuberculosis complex, Non Tuberculous Mycobacteria



Sorumlu Yazar: Ayşe Barış
LookUs & Online Makale